O território do município de São Pedro da Cipa foi habitado pelo povo indígena bororó.

Quando os paulistas iniciaram a preia indígena em terras mato-grossenses, no final do século XVII, depararam-se com índios desta nação - chamaram-nos de Porrudos - julgando que estes índios possuíam órgãos genitais de gigantescas proporções. 

Isto deveu-se ao uso comum, por parte do homem bororó, de um protetor genital. Na verdade defendiam-se das piranhas, que abundavam nos rios da região. 

Por isto, os paulistas deram o nome de Rio dos Porrudos ao Rio São Lourenço, que banha a sede municipal de São Pedro da Cipa. 

O território do município foi amplamente movimentado por conta de investidas garimpeiras. A região tem tradição garimpeira, pois o Rio Pombas é reduto de garimpagem há muito tempo. No início da exploração os aventureiros do garimpo tinham mais facilidade em suas atividades, pois os diamantes afloravam nas encostas e leitos de rios. 

No entanto, o lugar só teve povoamento consolidado, a partir da década de quarenta. Neste período o governo do Estado incentivava a colonização. 

As terras eram adquiridas a custo baixíssimo, desde que fossem implantados programas colonizadores. A região acompanhou o desenvolvimento do município de Jaciara. 

Nicola Rádica, italiano de nascimento e paulista por vocação, foi o grande pioneiro de São Pedro da Cipa. 

Encantou-se com as terras e matas banhadas pelo Rio São Lourenço e adquiriu terras na região. Rádica chegou ao Vale do Rio São Lourenço em 1949. 

Veio atraído pela intensa propaganda que se fazia das terras férteis e virgens do lugar. 

Fixou residência às margens do Rio São Lourenço, numa homenagem ao belo rio que banha a região. 

Formou-se então um pequeno povoado, às margens da rodovia que liga Rondonópolis à Cuiabá, nas proximidades de Jaciara. 

O primeiro nome que o núcleo recebeu foi Centro-Nápolis. 

Não pegou. Foi então que surgiu o nome de São Pedro da Cipa. 

São Pedro por ser o santo padroeiro da comunidade e Cipa e referência à companhia colonizadora que era dona das terras em que proliferou o atual município. 

As terras férteis atraíram muita gente à região. 

Fonte: http://citybrazil.uol.com.br